В Eclipse будет использоваться только компилятор x86 (чтобы вы могли запускать тесты и т. Д.).Вам придется вызывать Makefile для сборки для AVR вручную, поэтому достаточно одного проекта.
Eclipse не будет использовать выходные данные компилятора, а использует источники C для построения своей модели проекта.Поэтому вы увидите все файлы (даже те, которые предназначены для AVR), но они никогда не будут работать в Eclipse.Это означает, что вы можете редактировать их, включая завершение кода.