Вы можете попробовать использовать следующую настройку, а не использовать file_exists:
$filePath = stream_resolve_include_path('System.php');
if ($filePath !== false)
{
require_once('System.php'); // you could use $filePath as well
echo 'PEAR installed';
}
else
{
echo 'PEAR not installed';
}
Сложность в том, что PEAR, скорее всего, будет добавлен к текущему пути включения. Вот почему вы можете использовать System.php, а не /path/to/pear/System.php. Таким образом, вы можете выяснить, установлен ли PEAR.