Функция предварительной обработки обертки комментариев (template_preprocess_comment_wrapper) начинается в строке 1825 файла comment.module. Попробуйте что-то вроде этого в template.php вашей темы:
function xnalaraartbasic_preprocess_comment_wrapper(&$vars) {
$vars['your_region'] = theme('blocks', 'your_region');
}
А затем в comment-wrapper.tpl.php вашей темы попробуйте:
<div id="your_region">
<?php print $your_region; ?>
</div>
<div id="comments">
<?php print $content; ?>
</div>
И не забудьте очистить реестр вашей темы!