Вы можете использовать функцию mkdir()
Справка:
#include <sys/stat.h>
int mkdir(const char *path, mode_t mode);
Например, чтобы создать папку с именем 'hello', доступную только текущему пользователю:
mkdir("hello", 0700); /*the second argument is the permission mask*/
Для получения дополнительной информации наберите на терминале
man 2 mkdir
Если вы чувствуете себя креативно, вы можете сделать это более наивным способом
system("mkdir hello");
system("chmod 700 hello");
но нет причин делать это ...