Со мной случилось то же самое, это было слишком странно, поскольку некоторые из них были опубликованы, а некоторые нет, даже если они являются частью одного и того же проекта.
Моим решением было просто скопироватьфайлы rdlc пересылаются в опубликованную папку, и все работает как положено.