Вы можете напрямую указать, какую msbuild вы хотите использовать в скрипте nant, объявив:
<!-- Initial path to use MSBuild from .NET Framework 3.5 -->
<property name="MSBuildApp" value="C:\WINDOWS\Microsoft.NET\Framework\v3.5\MSBuild.exe" />
И затем выполнить сборку через msbuild:
<exec failonerror="true" program="${MSBuildApp}" verbose="true">
<arg value="${SlnDir}\${SlnFile}" />
<arg value="/t:Rebuild" />
<arg value="/p:Configuration=${SlnConfig}" />
</exec>
Или вы можете указать на правильныйВерсия .NET Framework при запуске сценария NANT:
nant CreateYouProjectTask -t: net-3.5 -buildfile: BuildYourProject.build