К сожалению, это связано с тем, что элементы решения VS «отслеживаются», поэтому, если файл удален, а затем повторно добавлен или просто отсутствует, решение автоматически удалит его.
Это невероятно раздражает, я думаю, что, возможно, Word удаляет файл перед его сохранением, что заставляет решение думать, что это уже не тот файл.
Эта проблема возникает у нескольких разработчиков, если они не получили файл из системы контроля версий перед открытием решения, он просто удаляет файл.