Для того, чтобы MSBuild мог работать с несколькими ядрами / процессорами, он должен иметь возможность заранее определить, каковы все зависимости. Как правило, это означает, что вам нужно, чтобы все ваши проекты были в одном огромном решении, и чтобы все ваши ссылки были ссылками на проекты, или для настройки нескольких решений и их построения в правильном порядке.
Похоже, что вы работаете с единственной версией решения прямо сейчас, поэтому вам нужно убедиться, что все ваши ссылки на другие проекты установлены правильно как ссылки на проекты, а не ссылки на пути к файлам.
Я не нашел хорошего способа проверить это с помощью графического интерфейса, поэтому вам, вероятно, придется выгрузить и отредактировать один из файлов проекта, который не собирается в multicpu, чтобы взглянуть на xml.
Ссылка на проект должна выглядеть так:
<ProjectReference Include="..\..\Manager\Manager.csproj">
<Project>{C0F60D74-3EF9-4B49-9563-66E70D0DDF43}</Project>
<Name>Manager</Name>
</ProjectReference>
и ссылка на путь к файлу будет выглядеть так:
<code>
<Reference Include="Manager.dll, Version=2.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=e79aa50eb4f67b0c, processorArchitecture=MSIL">
<SpecificVersion>False</SpecificVersion>
<HintPath>....\Manager\Manager.dll</HintPath>
</Reference>
Похоже, что по крайней мере некоторые из ваших ссылок настроены правильно, так как у вас есть сообщение об ошибке, по крайней мере, один вызов другого проекта, поэтому вам не нужно обновлять все, просто проверьте пару, которая доставляют вам проблемы.