Разница в том, что вызов window.open не является ратифицированным стандартом.Цель метода PopupWindow в API Silverlight состоит в том, чтобы абстрагировать варианты реализации open между браузерами.
Например, имена свойств, используемые для открытых параметров, могут различаться в разных браузерах.Используя PopupWindow, ваш код может использовать строго типизированный класс HtmlPopupWindowOptions для согласованного определения этих параметров.Среда выполнения Silverlight обрабатывает отправку запроса браузеру для выполнения желаемого действия способом, соответствующим браузеру хоста.