поиск /usr/share/automake*/config.guess
проверьте последнюю версию automake
$ which automake
$ automake --version
найдите соответствующую папку automake в /usr/share/automake.1.11.1/config.guess
замените config.guess
из вашего дерева сборки на /usr/share/automake.1.11.1/config.guess
(То же самое может / обычно требуется для config.sub
.)