У меня очень похожая проблема.Похоже, это не относится к кодекам, так как я сделал отдельный тестовый пример, который отлично работает с тем же видео.Есть связанный вопрос , в котором говорится, что проблема может заключаться в воспроизведении одних и тех же активов с использованием MPMoviePlayerController.Это привело меня на правильный путь (вроде).
В моем случае проблема возникла из-за использования активов в AVPlayer во время экспорта.Мне не удалось найти точную комбинацию, из-за которой экспорт отбрасывает звуковую дорожку - в отдельном тестовом проекте экспорт работает нормально, даже если ресурс воспроизводится в AVPlayer одновременно.После нескольких часов попыток найти точную причину я сдался и просто вытолкнул актив из проигрывателя, используя replaceCurrentItemWithPlayerItem:nil во время экспорта.Это хак, но это работает.
AVFoundation - очень мощная структура, но, боже, я бы хотел, чтобы она не была настолько привередливой или, по крайней мере, регистрировала больше ошибок вместо того, чтобы молча производить мусор.