Предположительно, вы используете что-то вроде mod-svn в Apache для работы с вашим SVN-репозиторием.
Если вы хотите запустить PHP, то вам нужно настроить еще один виртуальный корень на Apache, который не 't используя mod-svn и предоставьте ему корневой каталог, который соответствует расположению файлов PHP.
По сути, вы не можете управлять репозиторием и анализировать файлы с одного и того же URL.