Существует параметр genericjarsuffix, который по умолчанию равен "-generic.jar", и keepgeneric, который по умолчанию равен "false", который определяет, сохраняется ли общий файл, используемый в качестве входных данных для инструмента (ов) развертывания сервера приложений.
Документация описывает параметры, доступные для различных серверов приложений.
Так как keepgeneric по умолчанию имеет значение "false", ваш сценарий Ant явно устанавливает это значение в "true" где-нибудь?