Кажется, что вы ищете решение, которое изначально позволит вам отделить презентацию / бизнес-логику / базу данных или трехуровневую архитектуру приложений.
Если это так, вам нужен сервер приложений, который поможет вам легко отделить, разработатьи поддержи свою бизнес логику.И это зависит от платформы, на которой вы разрабатываете.
Для платформы Java существует много серверов с открытым исходным кодом, таких как Glassfish или Tomcat (Google их).Вы можете создавать веб-сервисы, которые представляют вашу пользовательскую бизнес-логику, а также использовать персистентности.
Для решения на основе .NET (C #, VB.NET и т. Д.) Вам потребуется что-то вроде TNAPS .NET Application Server (проверьтеhttp://technovation.ru/tnaps) Он предоставляет все необходимые вам концепции - бизнес-объекты, доступ к данным, управление пользователями, безопасность.
В мире Ruby / JavaScript есть много вещей (node.js / railsи т. д.). Все зависит от потребностей вашего решения. Если это корпоративно-ориентированное бизнес-решение - тогда отличные подходы .NET хороши. Более того, вы можете использовать эту логику в сети (saas) в любое время.
Наконец, вы заметили, что вы используете c # в качестве тега для вопроса, поэтому проверьте TNAPS или другие серверы приложений c # (хотя их там немного).