Используйте файлы fla как любой другой двоичный файл - вам придется перезаписать из последней версии или произвести слияние вручную. При использовании Subversion другого выбора нет.
Вот что я бы сделал:
Заблокируйте fla-файлы в ветке, чтобы никто не перезаписывал их, поэтому вам не нужно пытаться сравнивать два fla-файла, каждый из которых был изменен. (Объясните это команде, блокировка в SVN может быть отменена, это скорее напоминание, чем абсолютная остановка). Вместо изменения файлов fla добавьте новые файлы с функцией замены, добавьте комментарии во время фиксации о том, как эти изменения могут быть включены в основной файл. FLA файлы.
Разделите файлы fla на несколько файлов поменьше, чтобы вам было легче изолировать изменения.
Убедитесь, что коммиты fla-файлов всегда сопровождаются хорошим сообщением коммита, в котором описывается, что было изменено.
Перемещайте как можно больше из fla - изображения могут быть встроены с использованием кода, и, конечно, исходный код не должен быть в fla.
Убедитесь, что все в команде знают о проблемах с Subversion и двоичными файлами.
Это не идеально, но это сделает его несколько управляемым.