Я считаю, что метод приватного файла генерирует ссылку, которая пропускает пользователя через контроль доступа, чтобы убедиться, что у него есть право на скачивание файла. Часть об изменении ссылок может ссылаться на ссылки на файлы внутри содержимого или может также относиться к путям к файлам в базе данных. Если у вас есть папка files за пределами корневого каталога, установка на общедоступный приведет к разрыву ссылок на сайте.
http://drupal.org/node/22240