Это на самом деле не «основной метод», но я предполагаю, что вы просто имеете в виду метод, который вызывается в результате прошедшего события. Это зависит. Вам нужно, чтобы он выполнялся каждый интервал, или вам просто нужно, чтобы процесс запускался через каждый интервал, и если он уже запущен, ничего не делайте.
Если последний случай, как я подозреваю, так как вы спрашиваете об этом, тогда да, продолжайте и остановите свой таймер как первый оператор в обработчике прошедшего события. Затем снова запустите таймер, когда закончите со всем остальным в «основном методе».