Для массива разрешений всегда задан двумерный массив 3х3 (и, если я что-то упускаю, я не вижу, как это когда-нибудь изменится?) Зная это, вы можете просто использовать методы setPermission и hasPermission с циклом 03 на каждом и копирование значений по всему.Это все еще несколько неприятно и зависит от реализации, но не зависит от отражения.
Помимо этого, единственный вариант, который я вижу, - это создание подкласса FTPFile, а затем реализация разрешений самостоятельно.