возможно сделать что-то вроде этого без команды оболочки:
CXX_MODULES += $(patsubst %, %/%.cpp, $(LIBRARIES))
замечаем двойную замену, которая не работает (происходит только первая замена)
после некоторого ковыряния я придумал
$(join $(LIBRARIES), $(patsubst %, /%.cpp, $(LIBRARIES)))
Спасибо