Вы должны быть в состоянии сделать это, указав точный путь для сборки:
#r @"C:\path to xna 3.1\library.dll"
Кроме того, вы можете использовать #I @"C:\path to xna 3.1"
, чтобы включить путь с определенной версией сборок, а затем просто использовать #r "assembly.dll"
.