Вы можете просто указать начальное значение, установив его как псевдо-селектор.
Давайте рассмотрим, что вам нужно анимировать некоторое значение, которое не является свойством CSS, от -100 до 100. В этом случае ваш код будет:
$({xyz: -100}).animate({xyz:100}, {duration:5000, complete:function(){
console.log("done");
}, step: function(now) {
//here you want to place your processing code for every frame of animation.
console.log("Anim now: "+now);
}});
Рабочий пример можно посмотреть на JSFiddle здесь .