Нет хорошего способа сделать это при рендеринге видео с помощью плагина QuickTime. Плагины оптимизированы для повышения производительности и обычно отображаются поверх остальных «нативных» элементов на вашей странице.
Кажется, я помню, что в плагине недавно был добавлен атрибут wmode = "transparent" или "opaque", аналогичный тому, который используется с плагином Flash, но производительность, как правило, страдает, потому что рендереру плагина часто приходится переключаться для рендеринга в программном обеспечении, поскольку оно объединяет видео с элементом, который у вас есть над ним, и, возможно, с элементами под ним.
Самое простое, что нужно сделать, это просто использовать элемент видео для воспроизведения нужного мультимедиа на своей странице. В этот момент он является элементом, подобным любому другому на странице, и беспрепятственно взаимодействует с порядком расположения элементов по z-индексу.
Пример использования здесь: http://dev.opera.com/articles/view/introduction-html5-video/
Возможно, вам понадобится вложить видео с разным кодированием в виде элементов видео на странице, чтобы различные пользовательские агенты с поддержкой разных кодов могли воспроизводить видео. Но простое добавление элемента видео и указание его на текущее видео QuickTime будет работать так же, как простой объект с использованием плагина QT.