Я обычно не в восторге от JavaFX, но, по крайней мере, их документация по API - это большое улучшение по сравнению с javadoc, которое не претерпело существенных улучшений за десятилетие. Можно ли использовать технологию JavaFX для создания более привлекательного javadoc для обычных файлов Java?
Существует несколько заменяющих javadoc doclets, некоторые из них здесь (немного устаревшие, но много интересных идей).
Я в основном использую
Docjar
Позволяет отображать исходный код каждого метода или всего класса / интерфейса.