Это зависит. IMO: уровень бизнес-логики означает, что весь ваш бизнес-код отделен от кода вашей презентации. Обычно это влияет на повторное использование.
Нет необходимости хранить весь свой бизнес-код в отдельном проекте или банке. Но из моего короткого опыта это интересно сделать, если вы планируете использовать этот код в других приложениях, кроме вашего веб-сайта (например, веб-сервисы, настольные приложения или веб-сайты, предназначенные для мобильного доступа).
Я использую Maven для построения и разрешения зависимостей моего проекта. Но есть много других способов сделать это.
В Eclipse вы можете создавать два проекта и работать с зависимостями проекта (щелкните левой кнопкой мыши на своем проекте -> Свойства -> Путь сборки Java -> вкладка Проекты).
Надеюсь, это поможет вам, и извините за мой английский.