Полагаю, вы можете редактировать файл .proj.Вы можете управлять целевыми объектами MSBuild с помощью Condition
.Ваша цель, которую вы хотите исключить, может содержать что-то вроде этого:
<Target
Name="SomeTarget"
Condition="'$(SomeProperty)'=='true'"
DependsOnTargets="SomeAnotherTarget"/>
SomeProperty
можно передать в вызове:
MSBuild.exe build.proj /p:SomeProperty=false
С уважением