Я не совсем уверен, что вы спрашиваете здесь, но, похоже, один из следующих
- Позволяет ли CLR запускать одно и то же приложение в двух отдельных процессах? Да
- Позволяет ли CLR параллельно запускать одно и то же приложение в одном и том же процессе? Да (через домены приложений)
- Позволяет ли CLR размещаться несколько раз в одном и том же процессе? 2.0 и 4.0 могут быть размещены бок о бок в одном и том же процессе.