При установке rJava с помощью команды install.packages("rJava") я получаю следующую ошибку:
checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/bin/java'
archiver : '/usr/bin/jar'
compiler : '/usr/bin/javac'
header prep.: '/usr/bin/javah'
cpp flags : '-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include/linux'
java libs : '-L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64/server -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64 -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../lib/amd64 -L -L/usr/java/packages/lib/amd64 -L/usr/lib64 -L/lib64 -L/lib -L/usr/lib -ljvm'
checking whether JNI programs can be compiled... yes
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
У меня установлен Java JDK, а java -version возвращает следующее:
$ java -version
java version "1.6.0_20"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_20-b02)
При поиске ошибки я вижу, что другие сталкиваются с той же проблемой, но не находят решения, кроме как "установить весь JDK, а не только JRE", что я и сделал.
Другая вещь, которую я прочитал, состояла в том, чтобы запустить sudo R CMD javareconf, который работает довольно счастливо, без ошибок.
Есть идеи, в чем заключается моя проблема?
[[EDIT]]
Прошло несколько месяцев с тех пор, как у меня была эта проблема. Сначала я решил эту проблему, отредактировав свои пути Java, как показано в ответе, который я разместил ниже. Недавно я столкнулся с той же проблемой при новой установке Ubuntu. Я попробовал рекомендацию Дирка использовать apt-get для установки пакета rJava. Это сработало отлично. Сначала я не смог оценить, что установка пакетов с использованием метода apt-get Ubuntu принципиально отличается от простой загрузки одного и того же пакета с помощью install.packages () внутри R. Пакеты Ubuntu решают некоторые проблемы, которые я не осознавал или не ценил ,