Доменный модуль хорош, если вы хотите обмениваться пользователями и контентом между сайтами, так как он позволяет вам определять, на каком сайте контент должен быть доступен.
Если вы хотите сделать обычный мульти-установка сайта, с разными базами данных (без общего контента / пользователей) вы должны делать разные установки (которые могут использовать одно и то же ядро drupal и модули contrib)