Quercus на App Engine работает во время исполнения Java, в то время как Python работает, во-вторых, во время исполнения Python. Хотя вы можете запускать одно приложение с несколькими средами выполнения, они должны быть разных основных версий, а это значит, что связь между ними будет неудобной - вам придется делать URLFetches между ними.
Я думаю, вы обнаружите, что гораздо проще выучить достаточно Python для внесения изменений. И поверьте мне, вы не пожалеете, изучая Python. ;)