Исходя из того, что вы говорите, вы просто пытаетесь отложить выполнение функции.
Скажем, например, что вы хотите запустить оповещение, а еще через 2 секунды второе оповещение, например, так:
alert("Hello")
sleep
alert("World")
В javascript единственный 100% совместимый способ сделать это - разделить функцию.
function a()
{
alert("Hello")
setTimeout("b()",3000);
}
function b()
{
alert("World");
}
Вы также можете объявить функцию внутри самого setTimeout следующим образом:
function a()
{
alert("Hello");
setTimeout(function() {
alert("World");
},3000);
}