Скажите, что список содержит
[0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9],
[9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1, 0]
Что вы ожидаете от набора?Два элемента?Один элемент?
Можете ли вы сказать, как вы хотите сравнить ArrayLists?
Если это сравнение один к одному - "они равны, если они содержат то же самое элементов в одинаковом порядке "тогда
sets = new HashSet<ArrayList<String>>(lists);
должно быть достаточно.
Если вы хотите иметь более сложные правила сравнения, тогда вам нужно переопределить равноМетод, как сказал выше Ленин Кирилов.Но чем больше список, тем выше производительность.