Это не относится к remote_api. Происходит то, что ваше приложение получает много запросов, выполнение которых занимает много времени, и App Engine не будет увеличивать количество экземпляров, на которых работает ваше приложение, если задержка запроса слишком велика. В результате запросы помещаются в очередь, пока не будет доступен обработчик для их обслуживания; если ни один не становится доступным, возвращается 500, и это сообщение регистрируется.
Просто уменьшите скорость массовой загрузки данных или уменьшите размер пакета, чтобы запросы remote_api выполнялись быстрее.