Ваш код работает для меня, используя последнюю версию SVN (1144).
user> (dotimes [i 5] (.start (Thread. (fn [] (Thread/sleep (rand 1000)) (println (format "Finished %d on %s" i (Thread/currentThread)))))))
Finished 0 on Thread[Thread-16,5,main]
Finished 4 on Thread[Thread-20,5,main]
Finished 3 on Thread[Thread-19,5,main]
Finished 1 on Thread[Thread-17,5,main]
Finished 2 on Thread[Thread-18,5,main]
Вы используете релиз 16 сентября? Вам почти нужно использовать SVN-версию Clojure. Это меняется слишком быстро.