Я использую и Tortoise SVN, и Subclipse - никаких проблем. Формат файла .svn не зависит от клиента; Вы можете использовать много клиентов без страха;)
И это очень удобно - Subclipse доступен из Eclipse, поэтому без Eclipse я могу использовать Tortoise; Кроме того, когда у меня возникла проблема с Subclipse, я обновляю проект с помощью Tortoise, просто не забудьте обновить этот проект в Eclipse после изменений, внесенных из инструмента Eclipse (например, Tortoise)