Принятый ответ правильный. Добавление этого на случай, если кто-то еще погуглит этот ответ и все еще не сможет создать версию для x64.
Вот что я должен был сделать, чтобы собрать Boost 1.63 на VS 15 2017 Community Edition.
Команды, выполненные из командной оболочки VS среды. Сервис -> Командная строка Visual Studio
C:\Work\Boost_1_63> C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio\2017\Community\VC\Auxiliary\Build\vcvarsall.bat amd64
C:\Work\Boost_1_63> bootstrap.bat
C:\Work\Boost_1_63> bjam -j4 architecture=x86 address-model=64 link=static stage
C:\Work\Boost_1_63> bjam --prefix=C:\opt\boost architecture=x86 address-model=64 link=static install
Вы можете проверить, что полученный .lib x64 с помощью dumpbin:
C:\Work> dumpbin /headers C:\work\boost_1_63\stage\lib\libboost_locale-vc140-mt-1_63.lib | findstr machine
8664 machine (x64)
8664 machine (x64)
8664 machine (x64)
8664 machine (x64)
...