CouchDB лучше всего работает с ненормализованными данными.Вы должны рассмотреть вопрос о нормализации ваших данных в максимально возможной степени.Может быть, вы можете хранить все дерево как один документ?
Например:
{
"msg":"Parent message",
"children":[
{
"msg":"sub message 1"
},
{
"msg":"sub message 2",
"children":[
{
"msg":"sub sub message 1"
}
]
}
]
}