Использование "autoconf" и подобных хаков больше не требуется. Они были необходимы для переноса кода C на платформы, которые не могли должным образом поддерживать ISO C89, но сделали разумную ошибку. Нам 21 год, и такие системы довольно редки.
Итак, вы должны проверить использование макросов Autoconf и удалить их.
Утилизация ./configure
может быть сложнее, но также возможно, что он вам вообще не нужен - он может существовать только в результате autoconf
.