Один из хороших способов справиться с этим - определить белый список файлов, которые могут быть включены. Если чего-то нет в этом списке, это следует считать злом и никогда не включать.
Например:
<?php
$allowed = array('file1', 'file2', 'file3');
if (in_array($_GET["url"], $allowed)) {
// You can include
} else {
// Error message and dont include
}
?>
Примечание. Как указано в комментарии, список разрешенных данных можно динамически заполнять путем сканирования разрешенного каталога.