В Gradle 0.9.1 плагин war добавляет только один каталог, который определен в объекте соглашения и не является частью исходного набора.
Таким образом, исходная задача, которую вы разместили, может быть расширена до следующего:
apply plugin: 'java'
apply plugin: 'war'
task "create-dirs" << {
webAppDir.mkdirs()
sourceSets.all*.java.srcDirs*.each { it.mkdirs() }
sourceSets.all*.resources.srcDirs*.each { it.mkdirs() }
}