Конечно, используйте команду «diff» (из окна терминала).
Если два проекта находятся в папках «old-project» и «new-project» соответственно, вы бы сделали что-то вроде:
diff -r old-project new-project
"-r" будет рекурсивно сравнивать соответствующие файлы в подкаталогах.
ps.это также должно быть тревожным звонком для вас, пора поместить ваш проект в какую-то систему контроля версий (такую как svn).Если бы ваш проект находился в управлении исходными кодами, не возникало бы никаких вопросов о том, что именно было изменено, когда и кем.