Пока вы находитесь в папке eclipse, ./eclipse
должен запускать его, однако, вы, вероятно, захотите отсоединить его от экземпляра терминала, поэтому:
./eclipse &
bg %1 # assuming it's the only job running.
disown eclipse
Должно дать вам работающийэкземпляра и освободите сеанс терминала.
Если вы не находитесь в папке eclipse, лучше всего добавить ее в $PATH
и затем запустить ее из любого места.