Прежде всего, если я прав, вы определяете составной ключ? Это обычно плохая практика. Лучше иметь дополнительный столбец ID и добавить отдельное ограничение, чтобы проверить, есть ли у вас уникальная комбинация. И, как предложил codymanix, сначала нужно изменить столбец, чтобы он больше не содержал auto_increment, а затем отбросить его.