Вы должны использовать технологию, которая обходит модель безопасности браузера. : - (
Javascript, запущенный в браузере, не имеет доступа к файловой системе по соображениям безопасности и аналогичным образом имеет очень ограниченный доступ к элементу управления формой загрузки файлов. (например, вы не хотите, чтобы браузер мог спокойно загружать файлы на удаленный сервер)
Очень популярный проект с открытым исходным кодом, позволяющий в некоторой степени обойти модель безопасности: SWF Upload . К сожалению, из коробки это не позволяет вам делать то, что вы хотите, создавать возобновляемые загрузки. Это означает, что вам придется либо взломать его (это с открытым исходным кодом), либо использовать другую технологию, которая вам удобнее, например Java или расширение для браузера.
EDIT:
Был объявлен новый плагин jquery, который поможет вам именно то, что вы хотите. Это называется plupload: http://plupload.com/