Я не уверен, что это правильный ответ, но быстрый способ сделать эту работу - просто переназначить empty_form той формой, которую вы хотите после инициализации набора форм.
formset = formset_factory(MyClass, **kwargs)
empty = formset.empty_form
# empty is a form instance, so you can do whatever you want to it
my_empty_form_init(empty_form)
formset.empty_form = empty_form
Примечаниечто это перезаписывает свойство empty_form результирующего набора форм.