Я бы обработал разветвление и управление процессом внутри вашей основной программы на Python. Пусть cron порождает только один процесс, и этот процесс является мастером для (возможно нескольких) рабочих процессов.
Что касается того, как вы можете создать несколько рабочих, есть модуль многопоточности для многопоточности и модуль многопроцессорной обработки. Вы также можете сохранить свой рабочий код в виде отдельных файлов и использовать модуль подпроцесса.
Теперь, когда я думаю об этом, может быть, вам следует использовать supervisord для выполнения фактического управления процессом и просто написать фактический рабочий код.