Вы можете попробовать запустить свой код как обычный пользователь.
runas /user:%USER% /savecred /env "CMD /K %JAVA_HOME%\bin\java %JAVA_OPTS% -jar \"myapp.jar\" %JAVA_ARGS%"
Чтобы сделать это, вам нужно создать пользователя с тем же именем и паролем на вашей машине разработки.
Этот пользователь должен иметь возможность писать в вашу папку.
EDIT:
Я почти уверен, что в Jave нет возможности встроить ACL для Windows в java.io
Если у вашего обычного пользователя есть права на изменение разрешений созданных вами папок и файлов, вы можете запустить Runtime.exec("some windows commandline code, to change ACL")
Если ваш обычный пользователь не имеет разрешения, мой ответ - «Вы не можете».