Не могу не почувствовать, что вы не впадаете в метафору Unix, а то, что вы просите, - это помеха.
Если пользователь, работающий с правами root, root не сможет ничего сделать, чтобы остановить завершение работы root! Вы можете заниматься оформлением витрин, например скрывать интерфейс выключения, но на самом деле это ничего не дает.
Я не могу сказать, говорите ли вы об этом в контексте многопользовательской машины или машины, используемой в качестве «настольного ПК» с одним пользователем, сидящим за консолью. Если это первое, ваши пользователи на самом деле не должны получать доступ к компьютеру с учетными данными, которые могут отключить систему для повседневной деятельности. Если это последнее, я бы рекомендовал обучить пользователей либо (а) проверять, запущен ли сценарий, либо (б) использовать определенный сценарий выключения, который вы определяете, который проверяет процесс сценария и отказывается завершать работу, пока он не исчезнет.