Я думаю, несколько расстраивающий, но очевидный ответ:
Если вам требуется функциональность базы данных, почему бы не использовать базу данных?
Если вы используете решение в оперативной памяти, такое как HyperSonic (HSQL), у вас почти нет настроек, и у вас есть транзакции и многие другие встроенные функции