Вам нужно запустить сервер в режиме отладки, добавив что-то вроде этого в скрипт запуска процесса Java:
-Xdebug -Xrunjdwp:transport=dt_socket,address=8000,server=y,suspend=n
Затем в IntelliJ откройте Run > Edit Configurations
и выберите Defaults > Remote
, где вы можете установитьпорт, который вы указали выше для отладки удаленной JVM.
Вы можете сделать то же самое в Eclipse.