IndexReader indexReader = IndexReader.open(directory); // this one uses default readonly mode
Вместо этого используйте это:
IndexReader indexReader = IndexReader.open(directory, false); // this will open the index in edit mode and you can delete the index. . .
Таким образом, вам не нужно никакого дополнительного инструмента для удаления содержимого индекса.,.